Уже прошел один год после событий Темного Восстания и предполагаемой смерти Зеро. Британия присвоила Зоне 11 статус исправительной колонии, где Одиннадцатых унижали с помощью грубой силы и выбивали все мысли о мятежах и попытках нового восстания.

Ничего не подозревающий Лелуш, студент высшей школы, ничего не знает о его прошлом в облике Зеро, и "случайно" натыкается на таинственную девушку, известную как С.С, которая возвращает ему память и его истинную личность. Лелуш вновь объявляет всему миру о возвращении Зеро, намереваясь закончить то, что он начал.