Тысячи лет прошли с тех пор, как всё человечество мгновенно окаменело от загадочного явления. Проснувшись и не узнав сильно изменившийся свет, Сэнку Исигами — гений, обладающий сверхчеловеческим интеллектом — застал лишь жалкие окаменевшие останки, свидетельствующие о том, что некогда здесь существовала развитая цивилизация. Застигнутый врасплох, но не отчаявшийся, Сэнку решает вернуть прежний мир силой науки. Со временем к нему присоединяются новые друзья и вместе создают Научное королевство.

Огонь, утюг, электричество, стекло, мобильный телефон... На развитие от каменного века до современной цивилизации человечеству потребовалось более двух миллионов лет, Исигами с друзьями же прошли эти этапы гораздо быстрее благодаря уже имеющимся знаниям, навыкам и усердию. Однако на всё так гладко, как хотелось бы.

Бывший сильнейшим учеником старшей школы, Цукаса Сисио возглавляет Империю силы, противостоящую Научному королевству. Цель Цукасы — очистить человечество, и он сделает всё возможное, чтобы остановить развитие науки с помощью могущественной военной силы. Что же противопоставит своему сопернику вундеркинд Сэнку?