Два года минуло с последних событий. Пути Ёродзуи разошлись: Гинтоки исследует Альтану, Кагура по всему космосу ищет способ вернуть прежнее состояние Садахару, а Шинпачи пытается сохранить то немногое, что осталось от их общего дома.

Но тучи сгущаются, остатки Тендошу, благодаря банановой атаке Гориллы, падают на Центральный терминал и собираются вновь использовать Альтану в своих целях.

Пришла пора друзьям в последний раз встать на защиту Эдо, чтобы исполнить желание Шоё Йошиды и заодно спасти своё будущее.