Тихий, апатичный, но мило выглядящий и часто этим пользующийся, четырнадцатилетний Михару Рокудзё — носитель хидзюцу «Синрабансё», могущественной силы ниндзя, которую многие кланы жаждут заполучить. Тот, кто овладеет «Синрабансё», станет правителем мира ниндзя Набари.

Одноклассник Михару, Коити Аидзава, и их школьный учитель английского языка, Тобари Дюрандал Кумохира, принадлежат к клану ниндзя Бантэн и просят Михару позволить им защищать его, ведь «Синрабансё» просыпается, и скоро Михару будет в опасности. Хотя Михару это и не интересует, но он вынужден согласиться на их предложение. Затем на него происходят одно нападение ниндзя за другим. И вскоре к их группе присоединяется очаровательная блондинка-самурай Раймэй Симидзу.

Так с каждым днём всё сильнее и сильнее Михару погружается в мир ниндзя Набари.